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【聯合大促】850K甲基化芯片和mRNA-seq聯合大促

2019-05-22點擊107次
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√ 850k芯片起始量低至250ng DNA
√ mRNA測序起始量低至200ng RNA

聯合分析展示:


圖1.熱圖形式展示關聯結果


圖1 結合各樣本的基因表達數據和CG/CHG/CHH層面的甲基化數據,進行關聯展示,可以直接看出甲基化與基因表達之間的關系。

Kawakatsu T , Stuart T , Valdes M , et al. Unique cell-type-specific patterns of DNA methylation in the root meristem[J]. Nature Plants, 2016, 2(5):16058.


圖2.散點圖形式展示關聯結果


圖 2 甲基化與表達的關聯分析。橫坐標為組間位點的差異甲基化程度(Δβ)。縱坐標代表基因FPKM的倍數差異(可以取log2)。



圖3.樣本內所有基因的甲基化與表達的關聯結果展示


圖 3 樣本(或組內)所有基因的甲基化與表達的相關性。橫坐標代表基因FPKM的倍數差異(可以取log2(FPKM+1))。縱坐標為基因啟動子區的甲基化程度均值。



圖4.特定基因對應不同樣本間RNA與甲基化的關聯展示


圖 4 以CDKN2A基因為例展示了原發癌、癌旁,轉移三種類型樣本中CDKN2A基因的甲基化與表達的相關性,圖中不同顏色的點代表不同類型的樣本,橫坐標為對應樣本該基因啟動子區的甲基化程度(β),縱坐標為對應樣本該基因的基因表達值(FPKM)。

Anonymous (2017) Comprehensive and Integrative Genomic Characterization of Hepatocellular Carcinoma. (Translated from eng) Cell 169(7):1327-1341 e1323 (in eng).
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