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生信分析平臺

1. 硬件設備 — “高性能計算節點+高速網絡+高效能存儲”的整套解決方案

上海伯豪生物技術有限公司根據自身基因組學服務的需要定制了天梭TS10000高性能集群,共由20個節點和1個存儲構成,儲存能力達到150TB,計算能力超過1.8億次每秒以上。該集群在設計上專注于提高HPC應用的運行效率,增強系統的可擴展性,致力于提升系統的總體計算能力、加速節點間的數據交換和系統的I/O帶寬。同時,上海伯豪生物技術有限公司還根據實際運算需求,開發了不同級別的軟件應用,促進系統內部服務器、存儲、應用之間最大限度趨近協同運算。

整體硬件設計采用了 “高性能計算節點+高速網絡+高效能存儲”的整套定制方案。計算節點采用的是基于Intel®至強®5500處理器的浪潮NF5220和四路六核服務器NF520D2。該集群不僅計算性能高,還具有高擴展、低功耗的特點,由于采用了智能功耗控制技術,該集群整體功耗比同類產品至少降低10%,在任務較少時,還可以通過浪潮天梭監管軟件遠程關閉沒有工作的節點,進一步節能減耗。



2. 軟件設備 — 商業化和自主開發相結合的微陣列芯片生物信息分析綜合解決方案

伯豪生物信息平臺的軟件系統采用商業化和自主開發相結合的方式建立了微陣列芯片數據分析綜合解決方案,可針對表達譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、DNA甲基化芯片、CGH芯片等提供各種個性化服務。

同時,伯豪生物還針對廣大科研工作者設計工作需要開發向伯豪用戶開放的個性化實時在線分析系統—SBC Analysis System,SAS系統。

該系統核心算法基于R語言(R-software)程序包,可以完成大部分的表達譜分析運算,系統本地整合8大公共數據庫,實現對多個數據庫的交叉查詢,幫助您發現實驗揭示的生物學意義。

該在線分析系統將幫助廣大科研工作者表達譜芯片進行各類統計學分析和功能注釋工作。這些分析包括,差異倍數計算(Fold Change),t檢驗(t-Test),SAM檢驗(Significant Analysis of Microarray, SAM),一維方差分析(one-way ANOVA),二維方差分析(two-way ANOVA),相關性分析(Correlation analysis),聚類分析(Unsupervised hierarchical clustering),主成份分析(Principal Component Analysis,PCA),GO富集分析(GO enrichment analysis),pathway富集分析(Pathway enrichment analysis),microRNA檢索,蛋白質相互作用檢索(protein interaction)等。


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