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平臺服務-轉錄組-Agilent表達譜芯片

表達譜芯片應用

基因表達譜芯片可使科研工作者實現在mRNA水平上同時平行研究成百上千乃至上萬條基因的表達關系。它的主要用途是用于大規模分析一定的生物對象在特定生物過程中(如疾病、發育、分化、凋亡等)基因表達變化的全面信息。

 

平臺: Agilent芯片平臺

伯豪生物是Agilet 基因芯片服務認證服務商

 

技術特點

  1. 通用性:Agilent所有芯片相關產品都采用了1″×3″工業標準的芯片;
  2. 基于非接觸式噴點的寡核苷酸原位合成技術:此種方法膜可以隨時修改芯片的設計,為客戶提供根據客戶的研究結果定制的芯片和價格合理的定制服務;
  3. 全程質控:每個堿基的合成都由質量控制系統進行實時監測,消除堿基樣點丟失及偏離現象;
  4. 高靈敏度:合成探針長達60-mer,達到檢測靈敏度與特異性的較大平衡;
  5. 優化的探針設計:針對每個序列設計一個探針,有利于簡化實驗數據的處理;
  6. 單色或雙色標記:可根據需要自由選擇Cy3單色標記或Cy3/Cy5雙色標記;
  7. 一致性及可重復性:芯片之間或產品批次之間的重現性高。

 

Agilent認證證書

 

Agilent表達譜芯片技術流程

 

Agilent表達譜芯片種類

Agilent表達譜芯片目錄

 

表達譜芯片分析流程

 

Agilent表達譜芯片技術參數

 

案例展示

案例一

多發性硬化(Multiplesclerosis,MS)是一種以中樞神經系統白質脫髓鞘和神經退行性變為主要病理特點的神經免疫性疾病和神經退行性疾病,是青壯年致殘率最高的非創傷性神經疾病之一。課題組研究人員利用轉錄組芯片(課題相關服務由上海伯豪生物技術有限公司提供),結合分子生物學技術,發現了一個介導小膠質細胞特定極化的同源盒基因——MSX3。研究發現MSX3在多發性硬化模型小鼠病變過程中存在差異表達,并與小膠質細胞M2型極化同步。系列研究結果表明,MSX3作為激活小膠質細胞M2信號通路的重要環節,決定小膠質細胞M1-M2極化方向,可作為MS治療的潛在靶點。

 

案例二

胸腺是T細胞發育成熟的關鍵中樞免疫器官,并可分泌多種胸腺激素及激素類物質。Foxn1是forkhead轉錄因子家族成員,過去的研究表明其在胸腺發育中起重要作用。在這篇文章中,研究人員利用全基因組表達譜分析在斑馬魚中證實Foxn1通過Mcm2在胸腺發育中起作用。研究人員在foxn1抑制(knockdown)胚胎中證實胸腺原基減少,T細胞發育受損。功能性和超顯性研究表明mcm2和cdca7處于Foxn1下游,且在胸腺上皮細胞中mcm2是Foxn1的直接靶基因。研究人員證實foxn1和mcm2變體(morphant)中的胸腺缺陷有可能是因為細胞增殖減少而非凋亡所致。

 

常見問題

1.Agilent表達譜芯片的RNA起始量是多少?
Agilent芯片的一次實驗的最低RNA起始量為200ng,RNA純化后的建議起始量一般為400ng。

2.技術重復和生物學重復有啥區別?
使用同一個抽提的RNA重復進行芯片雜交稱為技術重復。取重復點的平均值,由于平均值與組分本身相比變異較小, 所得到的表達評價更可靠。由于抽提具有可重復的特點, 與生物學重復相比, 技術重復的測量變異程度較小。生物學重復可以定義為使用來自不同抽提的RNA樣本進行雜交,例如,同一來源獨立制備的樣本,或者不同來源的樣本(不同的組織,或者一個細胞系的不同培養物)。對每一個RNA樣本制備來說,只要抽提之后的步驟是獨立進行的,那么分析測量就是獨立的。

3.檢出率是否有一個統一的標準?
關于芯片檢出率的問題,應該說沒有一個統一,也不應該有統一的標準,因為芯片只是工具,而實驗得到的數據只是把樣本里基因表達的信息以數據的形式反映出來,所以檢出率是樣品本身的屬性,不是評價芯片實驗質量的指標。

4.如何判斷一個芯片結果的好壞?
對于單標記芯片,從芯片掃描圖來看,主要看有無劃痕,有無圖象缺失等。其實判斷芯片結果更主要的是從數據來看:(1)檢出率是否異常;(2)相關系數(重復性);(3)變異系數(CV值);(4)與qPCR趨勢的吻合程度;(5)技術重復中差異基因的重復程度等。

 

參考文獻

[1]Yu Z,Sun D, Feng J, Tan W, Fang X, Zhao M, Zhao X, Pu Y, Huang A, Xiang Z, Cao L, HeC. MSX3 Switches Microglia Polarization and Protects from Inflammation-Induced Demyelination. J Neurosci. 2015 Apr 22; 35(16):6350-65.
[2]Ma D, Wang L, Wang S, Gao Y, Wei Y, Liu F. Foxn1 maintains thymic epithelial cells to support T-cell development via mcm2 in zebrafish. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Dec 18;109(51):21040-5.


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