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平臺服務-轉錄組-Affymetrix表達譜芯片

表達譜芯片應用

基因表達譜芯片可使科研工作者實現在mRNA水平上同時平行研究成百上千乃至上萬條基因的表達關系。它的主要用途是用于大規模分析一定的生物對象在特定生物過程中(如疾病、發育、分化、凋亡等)基因表達變化的全面信息。

 

平臺: Affymetrix芯片平臺

 

技術特點

  1. 芯片設計:采用光蝕刻原位合成技術合成芯片;
  2. 靈敏度高:25mer長度的短探針設計,靈敏度更高;
  3. 重復性高,穩定性好:針對每個轉錄本設置多組探針,保證信息完整性及實驗穩定性。通用性:Agilent所有芯片相關產品都采用了1″×3″工業標準的芯片。

 

技術流程

 

芯片種類

Affymetrix表達譜芯片目錄

 

伯豪特色

  1. 成熟的服務平臺:穩定而系統的芯片實驗全面解決方案,可為客戶提供總RNA抽提、樣品質檢、RNA標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析。
  2. 多樣化的服務內容:提供芯片和測序兩種高通量檢測技術以及低通量檢測技術RT-PCR。
  3. 專業的實驗人員:從RNA抽提到芯片雜交均配有專業的實驗人員,豐富的芯片操作經驗,確保芯片實驗順利完成。
  4. 專業的分析團隊:實戰經驗豐富的分析團隊,除能快速完成基礎分析外,還能根據客戶需求完成個性化分析,提供各類高大上的圖表。

 

表達譜芯片分析流程

 

表達譜芯片技術參數

 

案例展示

案例一

癌癥干細胞能夠通過自我更新和分化,啟動并維持癌癥的發生和發展。Metadherin (MTDH)廣泛參與了腫瘤生長、藥物抗性、腫瘤復發和轉移,中科院的研究團隊通過深入研究,揭示了MTDH對乳腺癌干細胞的的表觀遺傳學調控。 研究顯示,MTDH可以促進TWIST1啟動子的組蛋白H3乙酰化,由此間接激活TWIST1。進一步研究表明,這一過程是組蛋白乙酰轉移酶CBP介導的,MTDH能與CBP相互作用阻止其降解。研究人員還發現,乳腺癌臨床樣本中的MTDH表達與TWIST1表達和CSC豐度正相關。研究指出,MTDH通過調控TWIST1推動CSC累積和乳腺腫瘤發生,這一發現有助于深入解讀MTDH在癌癥中的功能。

 

案例二

視網膜變性疾病,是一類以光感受器和視網膜色素上皮細胞變性和功能喪失導致視功能損害為共同表現,以視網膜細胞的凋亡為重要病理特征的致盲性眼病。研究人員利用視網膜變性小鼠模型移植實驗,結合全轉錄本芯片的檢測(相關芯片服務由上海伯豪生物技術有限公司提供),發現 canonical Wnt 通路在胚胎干細胞來源的視網膜前體細胞(ESC-RPCs)中的異常激活及在調控治療效果和腫瘤形成中的關鍵作用。

 

參考文獻

[1]Liang Y, Hu J, Li J, Liu Y, Yu J, Zhuang X, Mu L, Kong X, Hong D, Yang Q, Hu G. Epigenetic Activation of TWIST1 by MTDH Promotes Cancer Stem-Like Cell Traits in Breast Cancer. Cancer Res. 2015.
[2]Lu Cui1,2,3, Yuan Guan1,2, Zepeng Qu1,3, Jingfa Zhang2, Bing Liao1,3, Bo Ma4, Jiang Qian4, Dangsheng Li5, Weiye Li6, Guo-Tong Xu2 and Ying Jin1,3.WNT signaling determines tumorigenicity and function of ESC-derived retinal progenitors.J Clin Invest. doi:10.1172/JCI65048.

 


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