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-真核轉錄組測序

真核mRNA測序介紹

對于真核生物來說,在具備參考基因組的情況下,基于Illumina HiSeq平臺的mRNA測序能夠快速獲得基因表達譜;基于測定的序列可以同時對cSNP、可變剪接等轉錄本的序列及結構信息進行精確分析;優勢在于檢測低豐度轉錄本和發現新轉錄本。

 

伯豪優勢

  1. 樣本處理:超過200種樣本的RNA抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;
  2. 文庫構建:低至200ng起始的建庫能力,另有單細胞(微量)測序解決方案;
  3. 質控管理:ISO9001認證,Illumina CSPro認證;
  4. 數據分析:學術界權威的算法和流程;全面的分析內容;靈活的定制分析;
  5. 項目成果:協助客戶發表110篇論文,影響因子21.506。

 

技術參數

  1. 樣本類型:total RNA、組織、細胞等;
  2. 建庫起始量:total RNA >=2 μg(低至200ng);濃度>=50 ng/ul;
  3. 測序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推薦數據量:>=6 Gb/樣本。

 

服務流程

實驗設計——樣本取材——RNA抽提——polyA富集——文庫構建——測序——數據分析

 

數據分析

流程圖

 數據分析內容列表

 

案例展示

案例一

上海伯豪助力中國科學院上海巴斯德所揭示體內調控Treg細胞穩定性的機制。FOXP3+調節性T(Treg)細胞維持著體內免疫穩態,抑制過度激活的免疫反應。但是,體內調控Treg細胞穩定性的機制目前尚不清楚。Usp21全基因敲除的小鼠表現出脾腫大以及自發的T細胞激活,表明USP21可能具有潛在的維持免疫耐受度的作用。為了論證USP21在體內的功能,研究人員通過構建條件性敲除的Usp21小鼠,以此來研究USP21在控制Treg細胞穩定性中的作用。研究人員發現,缺乏USP21的Treg細胞出現了顯著的免疫紊亂。此外,Usp21的敲除顯著誘導產生更多的Th1-like Treg細胞。USP21通過調控去泛素化來穩定FOXP3以及維持Treg特有基因的表達。
原文出處:Li Y, Lu Y, Wang S, et al. USP21 prevents the generation of T-helper-1-like Treg cells. Nat Commun. 2016, 7:13559.

 

案例二

上海伯豪攜手上海大學對玉米籽粒dek*突變體進行了深入的研究。Dek*是一個會導致籽粒發育遲緩并且體積變小的突變體。在該研究中,研究人員首先通過圖位克隆的方法克隆得到了dek*基因。該基因編碼了一個16,278bp的含有AAA-ATPase結構域的60S特異的核糖體合成因子ZmReas1。該基因的缺失嚴重影響了60S核糖體的形成。在該研究中,研究人員使用上海伯豪的mRNA測序服務對ZmReas1突變體中基因表達的變化進行研究發現,該基因的突變導致大量核糖體相關蛋白的表達變化。研究人員通過流式細胞儀對不同細胞的分型發現,ZmReas1的突變抑制了細胞擴增和細胞生長。
原文出處:Qi W, Zhu J, Wu Q, et al. Maize reas1 Mutant Stimulates Ribosome Use Efficiency and Triggers Distinct Transcriptional and Translational Responses. Plant Physiol.2016, 170(2):971-88.

 

案例三

上海伯豪攜手張弓、王通和何慶瑜課題組利用穩態人類細胞進行了相對定量研究,在RNC-mRNA和蛋白質相對豐度之間加入mRNA的長度作為獨立的因素,發現RNC-mRNA和蛋白質相對豐度與mRNA的長度之間存在顯著的三元對數線性相關定量關系,R2在0.94以上,亦即超過94%的蛋白質的相對豐度可以通過其翻譯中RNC-mRNA的相對量和mRNA長度計算獲得。這一結果使中心法則中的定量關系難題在相對定量模型中得到初步解決。同時,該研究提出了翻譯比率的新概念(translation ratio, TR),即能夠進入翻譯的mRNA比例,可由RNC-mRNA與總mRNA的比值獲得,主要表征著翻譯起始的效率。本研究發現,癌癥細胞中各種mRNA的TR普遍比正常細胞上調,而且長度越短的基因具越高的TR,表明更容易被翻譯。同時,具顯著TR改變的基因與肺癌的惡性表型密切相關。
原文出處:Wang T, Cui Y, Jin J, et al. Translating mRNAs strongly correlate to proteins in a multivariate manner and their translation ratios are phenotype specific. Nucleic Acids Res.2013, 41(9):4743-54.

 


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