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-原核轉錄組測序

原核轉錄組測序介紹

原核生物的mRNA沒有polyA結構,因此可采用rRNA去除的方法,采用鏈特異性測序同時對原核生物的mRNA和ncRNA進行高通量測序。

 

伯豪優勢

  1. 樣本處理:超過70種細菌的RNA抽提經驗;
  2. 文庫構建:高效的原核生物rRNA去除方法,低至200ng起始的建庫能力;
  3. 質控管理:ISO9001認證,Illumina CSPro認證;
  4. 數據分析:學術界權威的算法和流程;分析內容涵蓋原核生物的mRNA和ncRNA;靈活的定制分析;
  5. 項目成果:協助客戶發表多篇論文,影響因子8.258。

 

技術參數

  1. 樣本類型:total RNA、菌體、菌液等;
  2. 建庫起始量:total RNA >=2 μg(低至100ng);濃度>=50 ng/ul;
  3. 測序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推薦數據量:>=6 Gb/樣本。

 

服務流程

實驗設計——樣本取材——RNA抽提——rRNA去除——文庫構建——測序——數據分析

 

數據分析

流程圖

 數據分析內容列表

 

案例展示

案例一

上海伯豪攜手上海交通大學對吸水鏈霉菌5008(Streptomyces hygroscopicus 5008)高產量生產井崗霉素(Validamycin)的研究做出重要貢獻。研究人員對吸水鏈霉菌的γ-丁內酯(GBL)合成基因afsA與丁內酯受體基因arpA分別進行敲除和過表達改造。通過上海伯豪的Illumina Hiseq2500 mRNA測序服務對吸水鏈霉菌基因變化進行分析,從而開發得到了井崗霉素高產量的吸水鏈霉菌(產量比改造前增加55%),為吸水鏈霉菌生產井岡霉素的基因工程改造做出了重要貢獻。
原文出處:Tan GY, Peng Y, Lu C, et al. Engineering validamycin production by tandem deletion of γ-butyrolactone receptor genes in Streptomyces hygroscopicus 5008. Metab Eng. 2015, 28:74-81.

 

案例二

上海伯豪攜手上海生科院植物生理與生態研究所對地中海擬無枝酸菌U32進行mRNA轉錄組測序研究營養供給對地中海擬無枝酸菌U32產生的影響。研究發現,在養分充足的條件下,地中海擬無枝酸菌U32無論是利福霉素合成基因還是利福霉素前體基因均表現出了較高水平的表達。與之相反,在缺乏營養的培養基中,地中海擬無枝酸菌U32的利福霉素合成基因與利福霉素前體基因表達量大幅下降。據此,研究人員提出假設認為地中海擬無枝酸菌U32將營養物質合成利福霉素是通過增加利福霉素前體供應以及相關酶類的合成來實現的。
原文出處:Shao ZH, Ren SX, Liu XQ, et al. A preliminary study of the mechanism of nitrate-stimulated remarkable increase of rifamycin production in Amycolatopsis mediterranei U32 by RNA-seq. Microb Cell Fact. 2015,

14:75.




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