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轉錄組-miRNA芯片

miRNA芯片應用

篩選差異表達miRNA,差異miRNA靶基因預測。

 

平臺一 Agilent芯片平臺

伯豪生物是Agilet 基因芯片官方認證服務商。

 

技術特點

  1. 通過特殊的探針設計區分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺;
  2. 無需分離miRNA,直接用Total RNA 進行實驗,只需100ng的Total RNA 即可用來進行標記實驗(不包括質檢所消耗的量),避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響;
  3. 樣品適用范圍廣:組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗;
  4. 高特異性:探針設計能區別一個堿基的差異;
  5. 高靈敏度:檢測豐度跨4個log,高可達6個log,只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出;
  6. 數據來源于miRBase 21.0版本,并方便及時更新;
  7. 人、大鼠、小鼠之外的動物物種,可以方便的通過earray進行個性化定制。

 

芯片介紹

 

 

平臺二 Affymetrix芯片平臺

伯豪生物是Affymetrix基因芯片官方認證服務商。

 

技術特點

  1. 高覆蓋度-涵蓋miRBase Release 20中所有成熟的miRNA序列;
  2. 新型的分析-采用同樣的芯片可以檢測人、小鼠、大鼠或其他物種的miRNA(同時檢測203個物種的miRNA);
  3. 信息量大-芯片結果包括:host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA等;
  4. 樣本量低-僅需要130ng的total RNA;
  5. 高靈敏度:檢測豐度跨4個log,可以檢測到1.0 attomol的microRNA含量。

 

芯片介紹

 

伯豪特色

  1. 成熟的服務平臺:穩定而系統的miRNA芯片實驗全面解決方案,可為客戶提供e-array芯片定制、總RNA抽提、樣品質檢、microRNA標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析。
  2. 多樣化的服務內容:提供芯片和測序兩種miRNA高通量檢測技術以及低通量檢測技術RT-PCR。
  3. 專業的實驗人員:從RNA抽提到芯片雜交均配有專業的實驗人員,豐富的芯片操作經驗,確保芯片實驗順利完成。
  4. 專業的分析團隊:實戰經驗豐富的分析團隊,除能快速完成基礎分析外,還能根據客戶需求完成個性化分析,提供各類高大上的圖表。

 

miRNA芯片分析流程

 

miRNA芯片技術參數

 

案例展示

案例一

腫瘤相關巨噬細胞(TAM)是免疫系統應答癌癥的標志,會聚集在腫瘤發生的地方,尤其是在腫瘤邊緣。第四軍醫大學的秦鴻雁研究團隊在轉基因小鼠模型中發現,NIC(Notch l胞內結構域)過表達對TAM分化沒有影響,但會使TAM喪失功能,導致移植瘤生長受到抑制。研究人員還通過巨噬細胞miRNA圖譜分析,發現miR-125a在Notch 信號通路的下游起作用的,影響M1和M2型巨噬細胞的極化。值得注意的是,轉染miR-125a類似物可以增強巨噬細胞的吞噬活性,重塑免疫微環境和抑制腫瘤生長。
使用服務種類:Agilent miRNA Array服務,相關芯片技術服務由上海伯豪完成。

 

案例二

乳腺癌耐藥相關蛋白(BCRP)/ ATP-結合轉運蛋白G超家族成員2(ABCG2)調節乳腺癌多種藥物的耐藥性(MDR)。研究者探索了microRNAs在調節乳腺癌細胞中BCRP表達及BCRP-調節的藥物耐藥性方面所發揮的作用。經芯片檢測、熒光素酶活性檢測等方法驗證后,發現MiR-181可能是乳腺癌中抑制及逆轉藥物耐藥性的潛在靶標。
使用服務種類:Affymetrix miRNA Array服務,相關芯片技術服務由上海伯豪完成。

 

案例三

胃癌是世界第四大癌癥,在所有癌癥致死率排行中名列第二。每年都有超過一百萬的病人被確診為胃癌,其中75%來自亞洲。microRNA是一類小分子非編碼RNA,在調控基因表達方面發揮著重要作用。近期有研究表明,不同的腫瘤顯示出特異性的microRNA表達譜,腫瘤來源的microRNA能被釋放到循環系統中,進入血液組織。而在血液組織中,microRNA能避免被RNase降解,具有良好的穩定性。因此,血清血漿中的microRNA有成為腫瘤生物標志物的潛力。在本文中,研究人員利用microRNA芯片,比較了胃癌患者與正常個體血清的microRNA表達譜,發現胃癌患者血清中,miR-378表達量高于正常人群。miR-378可以做為胃癌早期診斷的標志物。使用服務種類:Agilent miRNA Array服務,相關芯片技術服務由上海伯豪完成。

 

參考文獻

[1] Zhao JL, Huang F, He F, Gao CC, Liang SQ, Ma PF, Dong GY, Han H, Qin HY. Forced Activation of Notch in Macrophages Represses Tumor Growth by Upregulating miR-125a and Disabling Tumor-Associated Macrophages. Cancer Res. 2016.
[2] MiR-181a enhances drug sensitivity in mitoxantone-resistant breast cancer cells by targeting breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2). Breast Cancer Res Treat.2013, 139:717–730.
[3] Liu HS, Zhu L, Liu BY,Yang L, Meng XX, Zhang W, Ma YY, Xiao HS. Genome-wide microRNA profiles identify miR-378 as a serum biomarker for early detection of gastric cancer. Cancer Letters. 2011 Nov 2.

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