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轉錄組-small RNA測序

small RNA測序介紹

small RNA是指長度在18~30nt的內源性RNA,包括miRNA,siRNA和piRNA等。它們在mRNA的轉錄及轉錄后水平的調控中發揮重要作用,參與細胞生長、分化、代謝等各個生物學過程,對生物體的正常發育和疾病過程起著關鍵作用。Small RNA測序是指基于高通量測序平臺對目標樣本的small RNA進行大規模檢測,同時發現新的小RNA,結合生物信息學挖掘手段,研究small RNA的功能、結構和調控機制。

 

伯豪特色

  1. 樣本處理:超過200種樣本的RNA抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;
  2. 文庫構建:兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;
  3. 質控管理:ISO9001認證,Illumina CSPro認證;
  4. 數據分析:學術界權威的算法;針對miRNA、siRNA、piRNA和tRFs的特定分析流程;全面的分析內容;靈活的定制分析;
  5. 項目成果:協助客戶在miRNA、piRNA、tRFs領域發表多篇論文,影響因子12.861。

 

技術參數

  1. 樣本類型:total RNA、組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體、其它體液等;
  2. 建庫起始量:total RNA >=2 μg(低至10ng);濃度>=50 ng/ul;
  3. 測序模式:Illumina HiSeq SE50;
  4. 推薦數據量:>=20M reads/樣本。

 

服務流程

實驗設計——樣本取材——RNA抽提——文庫構建——測序——數據分析

 

數據分析

流程圖

 數據分析內容列表

 

案例展示

案例一

上海伯豪攜手上海生科院神經科學研究所在國際知名學術期刊Developmental Cell在線發表了題為《MeCP2調控DGCR8/Drosha復合物抑制microRNA加工和樹突發育》的論文。該工作發現了孤獨癥相關蛋白MeCP2通過直接調控DGCR8/Drosha復合物影響microRNA加工及靶基因表達,進而影響大腦發育的新機制。 本研究利用高通量測序技術對MeCP2基因敲除小鼠海馬區的成熟小RNA進行定量分析,發現MeCP2抑制了大量小RNA的產生。該研究揭示了孤獨癥相關蛋白MeCP2參與小RNA剪切加工的新功能,并提示此功能很是MeCP2基因突變導致發育性神經系統疾病的相關致病機理。
原文出處:Cheng TL, Wang Z, Liao Q, et al. MeCP2 suppresses nuclear microRNA processing and dendritic growth by regulating the DGCR8/Drosha complex. Dev Cell 2014, 28(5):547-560.

 

案例二

上海伯豪協助南京醫科大學揭示PNLDC1對piRNA3’修剪的作用及雄性不育的機制,成果發表在著名期刊Cell Reasarch。Pnldc1突變小鼠表現出了減數分裂和精子發生時期障礙,這種功能缺陷與LINE1活性相關。文章證實了PNLDC1對于piRNA前體3’修剪具有必要的作用,使得30-40 nt piRNAs前體能夠轉化為成熟的piRNA。Pnldc1突變小鼠仍然能夠正常進行5’piRNA修剪,但由于3’不能正常發生修剪,雖然能夠與MILI蛋白結合,卻不能發揮正常的生理功能,致使L1轉座子不能正常沉默而導致雄性不育。
原文出處:Zhang Y, Guo R, Cui Y, et al. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice.Cell Res. 2017, 27(11):1392-1396.


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