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基因組-Affymetrix OncoScan FFPE芯片檢測服務

OncoScan? FFPE芯片簡介

全基因組拷貝數變異(Copy Number Variation,CNV)在腫瘤的研究中占據十分重要的地位。目前,CNV已被多項研究證明參與了癌癥的發生和發展,其數量和復雜程度更是許多癌癥的預后指標。2013年9月Nature雜志發表了一篇對3299份來自于12種實體瘤樣本的研究,結論表明腫瘤可以依據驅動因素,分為M class (mutation driven,基因突變驅動) 和C class (copy number driven,拷貝數變異驅動)。其中,卵巢癌、乳腺癌、肺(鱗)癌及頭頸癌等癌癥中,CNV類型的驅動突變多于基因突變。這充分表明了CNV在腫瘤研究中的重要性。福爾馬林固定、石蠟包埋(formalin fixation and paraffin embedding,FFPE)是腫瘤醫學領域常見的樣本形式。FFPE樣本通常珍貴且保存時間長,存在樣本量稀少和高度降解的問題。Affymetrix 公司的OncoScan? FFPE檢測產品針對降解狀態的FFPE樣本,開發了分子倒置探針(MIP)技術,在一個試驗中輕松完成拷貝數變異和雜合性缺失(LOH)檢測,并能檢測常見的獲得性突變。

 

OncoScan? FFPE芯片特點

  1. 使用分子倒置探針(MIP)技術,針對FFPE樣本優化設計(探針結合處只需40bp的堿基);
  2. 經7000多個樣本驗證,試驗成功率>90%;所需起始DNA量少,陳舊FFPE樣本也有效(10年或者更久);
  3. 針對約900種癌基因,能達到50-100kb拷貝數的分辨率;
  4. 癌基因外的全基因掃描,可達到300kb的分辨率;
  5. 可檢測全基因組LOH缺失,包括拷貝數中性的LOH(copy neutral LOH);
  6. 檢測動態范圍可以高達10拷貝以上;
  7. 對關鍵癌基因如ERBB2 (Her2)、EGFR、MDM2、MYCFGFR1等,證實與FISH驗證的擴增一致。

 

伯豪特色

  1. 伯豪樣本中心具有10年FFPE樣本處理經驗,應對不同降解情況、不同類別的腫瘤FFPE樣本有獨到的處理方法;
  2. 伯豪是通過Affymetrix認證的技術服務供應商,質量穩定,售后有保障;
  3. 項目經驗豐富,特別是在腫瘤隊列相關分析中可提供多樣化的分析;
  4. 對接伯豪特色的生物標志物開發服務,使用機器學習算法開發基于腫瘤CNV的生物標志物;
  5. 伯豪擁有完整的組學平臺,可提供多組學的一站式解決方案。

 

OncoScan? FFPE芯片樣本要求

樣本準備及建議:

  • FFPE切片(10片左右,切片厚度10um左右)

樣品量要求:

  1. 樣品純度:RNA 應該去除干凈;
  2. 樣品濃度:濃度不低于12ng/μl;
  3. 樣品溶劑:溶解在Reduced TE(10mM Tris, pH 8,0,0.1mM EDTA)中;
  4. 樣品運輸: DNA低溫運輸(-20℃);在運輸過程中請用parafilm將管口密封好,以防污染。

 

OncoScan? FFPE芯片參數

 

分析內容 

OncoScan? FFPE芯片檢測結果展示

通過OncoScan? FFPE觀察樣本的CNV和LOH

拷貝數探針強度(log2ratio)與B等位基因頻率(B-Allele Frequency, BAF)的結果是判斷樣本是否發生了CNV和LOH的直接依據。圖1展示了拷貝數增加(左圈)和減少(右圈)的示例。

拷貝數增加使log2ratio大于0,且等位基因由2個等位基因增加為3個,因此BAF出現了4條帶型,帶型的頻率分布根據腫瘤樣本和正常樣本的比例決定。拷貝數減少也會出現4個帶型,原理相似。

 

OncoScan? FFPE可反映樣本的亞克隆結構

腫瘤樣本具有高度異質性,通過OncoScan? FFPE芯片的分析,可以觀察樣本中的亞克隆結構。圖2展示了樣本中存在2個亞克隆時的情況。2個克隆由于在組織中占比不同,因此發生缺失時log2ratio將出現2個小于0的不同數值,且BAF帶型也將呈現兩種狀態。


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