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細胞功能預測和信號通路研究工具箱

背景介紹

基因功能預測工具

在篩選出有意義的基因并對其進行驗證之后,可以對這些基因進行功能預測,以使后續的功能研究實驗更有的放矢。伯豪自主開發的基因功能預測工具,可對非編碼RNA與miRNA、非編碼RNA與蛋白/轉錄因子、ceRNA、下游靶基因/相互作用基因等,進行功能預測。

信號通路研究工具

一般情況下,信號通路的變化會通過轉錄水平和蛋白磷酸化水平體現出來,那么這種變化可以用基因芯片、PCR-array、蛋白芯片/磷酸化因子檢測,然后用高級分析共表達&IPA,生物信息學的方法進行分析。
IPA (Ingenuity Pathway Analysis) 是一個一體化的在線整合分析軟件,其背后的數據庫包含 500 多萬條生物學知識。數據經由 500 多名與家多輪質控,收集自 300 多種頂尖雜志的全文、 3000 多種生物學雜志摘要和 30 多個公共數據庫,包含人、小鼠、大鼠等物種的基因表達數據、microRNA 數據和小規模實驗數據,并且每周更新最新文獻,每季度更新分析功能。IPA的分析內容包括:功能疾病相關性分析,生物學下游效應分析,經典通路相關性分析,通路活性效應預測,轉錄調控分析,轉錄因子互作分析,相互作用網絡分析,生物標志物篩選,功能、疾病背景分子查詢,相應文獻調研及對應通路繪制等。
伯豪生物可進行一系列的IPA分析。

差異基因功能注釋流程圖




技術路線



服務形式

僅生信分析:
客戶提供每組數據3個或3個以上生物學重復并且為差異基因或者關注的部分基因。
公司提供圖片文件(Network圖),包括png、PDF格式;Cytocape文件:可以cytoscape打開進行細節調整;文本文件。
實驗+生信分析:
客戶提供基因信息,疾病信息,活細胞或細胞類型、培養條件信息,及需要進行實驗類型。
公司提供實驗報告(材料、試劑、儀器、方法、實驗結果)和生信分析結果。


經典文獻:

Shan-Shan Lai et al., PP2Acα positively regulates the termination of liver regeneration in mice through the AKT/GSK3β/Cyclin D1 pathway. Journal of Hepatology.
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