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表觀組-DNA羥甲基化測序

DNA 羥甲基化測序技術簡介

5hmC,作為5-甲基胞嘧啶(5mC)的氧化產物,是DNA甲基化修飾動態調控過程重要的中間產物。5hmC主要富集在基因的轉錄起始位點,轉錄終止位點和基因遠端區域的上游和下游。已有研究報道5hmC與癌癥、神經退行性疾病等有關。2017年,《Cell Research》上連續發表了兩篇使用芝加哥大學何川教授設計并優化的5hmC富集測序技術,驗證5hmC在腫瘤臨床應用的文章。

伯豪特色

  1.   特異性檢測羥甲基化: 5-hmC抗體能夠區分甲基化和羥甲基化信號,特異性的檢測羥甲基化區域。
  2.   靈活度高:能夠直接對任意物種的高羥甲基化片段進行測序,無需已知的基因組序列信息。
  3.   檢測范圍廣:覆蓋整個基因組范圍的羥甲基化區域。
  4.   精確度高:能夠在實際結合位點50個堿基范圍內精確定位。
  5.   數字化信號:直接對羥甲基化片段進行測序和定量,不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
實驗流程



技術路線

測序策略
  • 數據量:15M reads/樣本
  • 測序方法:PE 38
樣本要求
  • 樣品類型:gDNA,組織,細胞
  • 樣品純度:OD 260/280值應在1.8~2.0 之間;RNA 應去除干凈;
  • 樣品濃度:使用Qubit準確定量DNA濃度
  • 樣品總量:每個樣品DNA起始總量不少于1ug
案例解析

小鼠胚胎干細胞的羥甲基化研究

研究證實TET家族蛋白可以催化5mC轉化為5hmC。5mC已經被廣泛研究,但對5hmC的分布和功能知道的還很少。利用hMeDIP-seq測序技術對小鼠胚胎干細胞的wild-type和Tet1-depleted type的5hmC進行研究。
5hmC在轉錄活性高的基因的gene bodies區域和受到Polycomb抑制的發育調節因子的啟動子區域;5hmC可能在基因表達調控中起著激活和抑制的雙重功能。




5hmC富集在抑制和活躍轉錄基因

  • 原文出處:Wu H, et al. Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in transcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.


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