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-轉錄因子分析及網絡構建

Demo結果

 

Demo結果解讀

上圖中節點的大小表示的是基因的degree,顏色代表上下調的信息,邊的顏色或者線型代表是相互作用的來源。

 

轉錄因子分析及網絡構建介紹

轉錄因子與基因表達調控區域的特異性結合是基因表達的重要調控方式。針對特定轉錄因子的實驗,可對差異基因進行轉錄因子結合位點的motif分析,從而推測差異基因中有哪些基因可能直接受該轉錄因子調節。后結果會用統計學方法進行檢驗,找到調控目標生物性狀,統計學上有顯著差別的轉錄因子。找到差異的轉錄因子及其調控的靶基因,我們可以構建TF-network,從中得出關鍵的轉錄因子及被關鍵轉錄因子轉錄調控的基因,系統的研究轉錄因子與基因的調控關系。

 

分析要求

客戶關注的mRNA,lncRNA,microRNA(如差異基因)。

 

提供結果

  1. 圖片文件(Network圖),包括png,PDF格式;
  2. Cytocape文件:可以cytoscape打開進行細節調整;
  3. 文本文件:轉錄因子與基因之間的調控關系,結合score值,Evalue,以及關鍵轉錄因子的排序。

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