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-ceRNA調控網絡

Demo結果

 

Demo結果解讀

通過展示不同基因的ceRNA的調控機制,從中挖掘出實驗組與對照組不同類型的ceRNA機制,找到特異性的ceRNA。線代表不同的microRNA,藍色為mRNA,紅色為circRNA,綠色為lncRNA。

 

ceRNA調控網絡介紹

建立了一個計算的機制來使circRNA(lncRNA)作為ceRNA來保護mRNA不受miRNA的降解。基于基因的表達值,通過回歸模型分析以及種子序列的匹配的方法,建立microRNA的海綿吸附作用的調控網絡。

 

分析要求

  1. 客戶需要提供microRNA表達數據(可選),circRNA(lncRNA)表達數據(必選),mRNA表達數據(必選);
  2. 每組數據3個或3個以上生物學重復。

 

提供結果

  1. 圖片文件(Network圖),包括png、PDF格式;
  2. Cytocape文件:可以cytoscape打開進行細節調整;
  3. 文本文件:基因之間ceRNA調控關系,調控分數,circRNA(lncRNA)microRNA,mRNA核心調控關系的排序。
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