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ChIP-seq_售前咨詢

1. ChIP-seq的最低DNA起始量需要多少?

    1ng,純化后30ng。

2. IP下的DNA片段過長(珠峰在2000bp~4000bp之間)對實驗結果有影響嗎?

    片段過長可能與蛋白本身結合的DNA片段就偏大有關,就伯豪已做的ChIP-seq項目經驗來看 ,片段過長對后續結果分析是不會有影響的。后續建庫會對大片段DNA進行再次打斷至300 bp。

3. chip的對照怎么選擇?input IGg做嗎?

    input對照Input對照不僅可以驗證染色質斷裂的效果,還可以根據Input中的靶序列的含量以及染色質沉淀中的靶序列的含量,按照取樣比例換算出ChIP的效率。

   陽性對照,一般用anti-RNA Polymerase II抗體(陽性抗體),RNA Polymerase II是通用轉錄因子,在所有細胞中都能結合基因(為了保證陽性對照有效,一般選擇陽性對照的引物是根據管家基因設計的)的核心啟動子區,因此,理論上ChIP后PCR都會有條帶。

   陰性對照,用普通的IgG做為陰性抗體,理論上不會ChIP下來任何DNA片段,但是由于非特異結合,或者實驗過程中沒發生結合的DNA清除不完全,可能也會出現比較淺的條帶。

個完整的ChIP-seq數據通常應該包含input對照或陰性對照,一般推薦好的有input對照。

4. 伯豪客戶使用伯豪提供ChIP-seq服務發表高分的文章?

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5. ChIP-seq的高級分析有哪些?

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